Згідно даних, що надавались губернатору від 1 лютого 1809 р. в Конотопському повіті було священно- і церковнослужителів 246 осіб. Знайдений документ того часу – рапорт Чернігівського архітектора Татаринова, який за рішенням будівельної комісії обстежував церкву в 1844 р. Уривок із рапорту подається мовою оригіналу “… жителі с. Подлипное после происшедшего там пожара от которого всё селение выгорело, придя в совершенную бедность и потеряв через то всякую возможность выстроить себе новую капитальную церковь, купили себе старую деревянную, которую и начали складывать в таком виде, в котором она прежде была, но работа эта приостановлена и как складка старой деревянной церкви по обветшалости некоторых брёвен и по неправельностии делов не может принести разорённым жителям никакой пользы… они изъявили согласие сложить купленную ими церковь на каменном фундаменте с переменою обветшалых брёвен…’’
Підлипенці мріяли про нову церкву. Було створене товариство для збору коштів на дзвони, дерево. Головував Черевко, родом із Коломицівки.
В 1896 р. була освячена й урочисто відкрита для прихожан нова церква . Збереглися і фото п’ятибанного красеня-храму – двохпрестольної Свято-Миколаївської церкви. Пам’ять людська зберегла і прізвище його будівничого – Юхим Синиця, що збудував не один храм на Конотопщині. Церкви в Гутах, Дептівцi , а також на Полтавщині теж будував він. Перекази свідчать, що будівництво велось під його пильним наглядом. Навіть п’ючи чай на веранді за ставом, слідкував за будівництвом із біноклем. Потім приходив на будівництво і вказував, які бруси треба зняти й замінити. Майстри знімали і дійсно бачили недоробки. Так тричі приходилось переробляти. То ж надалі вже браку не було. За церквою були побудовані два пам’ятники у вигляді капличок на місці попередніх церков.
У 1905 р. Конотопщина була охоплена повстаннями проти російського самодержавства. Про участь у тих подіях підлипенців згадується широко. Як раз тоді проявилась їх непокірна козацька вдача. На сільських сходках лунали вимоги політичних свобод, недоторканості особи, про передачу землі тим, хто на ній працює, підвищення зарплати та покращення умов праці. Для приборкання селян та робітників залізничних майстерень прибули війська на чолі з начальником Чернігівської жандармерії Рудовим. Незважаючи на впертий спротив, ці виступи проти експлуатації та безправ’я були придушені. Багато підлипенців після жорстоких знущань було засуджено до різних строків ув’язнення.
Не всі священники залишили після себе добру згадку. Так, під час цих заворушень священник підлипенської церкви Андрій Кузьмінський відверто виступив на захист самодержавства й активно підтримував розправи над підлипенцями. Він видав царським жандармам агітаторів Конашевича К.Ф. та Васильця А.І. Вчителя Конашевича заарештували прямо в школі на очах учнів, а Васильцю вдалось втекти. Така поведінка попа викликала ненависть селян. Вибравши зручний момент, підлипенці схопили його, впхнули в мішок і вкинули в став, але робили це поспіхом та й став був не глибокий і йому вдалось врятуватись. Після цього піп зник із села.
Важкі випробування чекали підлипенців та їх церкву з приходом до влади більшовиків. У вирі революції та громадянської війни загинуло багато селян. Загальними зборами селян села Підлипного затверджений загін самооборони, що особливо відзначився в бою з більшовицькими загонами під керівництвом полковника Муравйова біля станції Крути.
За спогадами краєзнавця Івана Андрійовича Лисого керівником його став Ялисей Трохимович Лисенко, студент комерційного інституту, а його заступником — Павло Андрійович Лисий, службовець Конотопського паровозо- ремонтного заводу. Саме вони були активними діячами підлипенської «Просвіти» (Ялисей Лисенко її голова). Павло Лисий, заступник голови «Просвіти» в 1917 – 18рр, був головою шкільної ради при сільській управі, ініціатор переведення навчання сільської школи на українську мову, один з організаторів хорового та театрального гуртків. В бою під Крутами брали участь і три брати Юхименки з села Підлипного: Василь, Павло та Петро, Лисий Степан Антонович (активні просвітяни, учасники художньої самодіяльності) та інші члени загону самооборони.
В процесі боротьби за самостійність Української держави постає і Українська Православна Автокефальна Церква (УАПЦ), яку очолив митрополит Василь Липківський. Згідно документів з 21 січня 1925 р. храм Свято-Миколаївський у с. Підлипному належав до цієї церкви. Настоятелем храму був Карпенко Дмитро Степанович, людина високоосвічена, національно свідома. Саме він заборонив брати за будь-які треби плату з бідних родин та сиріт. В регістраційній картці служителя культу вказано, що церква підлягала Всеукраїнській Церковній Раді, тобто не була в залежності від Російського патріархату, а єпископом визнавала Василя Липківського. Мовою богослужіння названа українська мова. Діяла церковно-приходська школа, добру пам’ять односельців залишила її вчителька Коробко Марія Петрівна, що віддала громадській і педагогічній діяльності 30 років. Зусиллями священника Карпенка був створений чудовий церковний хор, що виконував і класичні твори. Регентом був Лисий Д.М. Слід відзначити, що традиція хорового співу існувала в с. Підлипному давно. Для популяризації української пісні в 1910 р. був створений хоровий гурток, який до 1917 р. існував як церковний хор. На свята він співав на кліросі, а на репетиціях розучували українські народні пісні. Повертаючись до того часу не можна не згадати і створення таємної культурно-освітньої організації “Просвіта”. Просвітяни організовували вечори присвячені Т. Шевченку, концерти, вистави. Заробивши гроші на обробітку буряків, придбали бібліотеку з творів українських авторів, а пізніше відкрили і книгарню. Також були організовані і драматичні гуртки, що ставили п’єси українських драматургів.
В 1926 р. підлипенська церковна громада налічувала 1156 чол. Підпорядковувалась Конотопському окружному Церковному управлінню Чернігівської губернії. У 1926р. Дмитро Карпенко організував урочистий приїзд до церкви митрополита Української православної автокефальної церкви В. Липківського, якого урочисто зустрічали церковними дзвонами, дорога до церкви був устелена полотном, клечанням та квітами, шлях слідування заповнений святково одягненими віруючими. Ось як описав цей приїзд голова Всеукраїнської Православної Церковної Ради Василь Потієнко: «У Підлипному служба Божа і все завітання митрополита було насичене патріотично-українським духом. Коло церкви зібралося все село, депутація старих сивих дідів супроводила митрополита від квартири настоятеля до церкви. На паперті вітав Владику митрополита Голова Порафіяльної Ради з усім активом церковним. Підніс м-тові хліб-сіль на чудової різьби дерев'яному блюді, вкритому кролевецьким рушником. У церкві, прикрашеній квітами, рушниками. килимами, вітав о. Дмитро Карпенко. Він запросив помолитися разом з усім народом за кращу долю України, за розквіт Церкви Української, на чолі якої стоїть і яку (нерозбірливо.-Упор.) веде під своїм керівництвом Владика митрополит. Митрополит зайшов до церкви, а діточки устеляли йому шлях по килимах квіточками. Все це створювало чудовий настрій, духовенство зійшлося чоловіка 12, співали і духовенство, і хор дуже добре. Свічки не стояли, розтавали, така була задуха від сили народу... В свойому слові наприкінці служби Божої відзначив чудову організацію парафії в Підлипному, подякував усім церковним працівникам, а в першу чергу настоятелеві парафії. (...) Після літургії в квартирі настоятеля – громадський обід. Зібралося так багато народу, що в трьох великих кімнатах на вмістилося – багато було надворі. Цікаво, що з нагоди приїзду м-та багато робітників-залізничників з Підлипного взяли відпустку на цей день, щоб побувати на службі Божій, а деякі працювали півдня і прийшли на обід. Жінки-парафіянки подбали за обід: все було красиво, смачно і ситно». Слід відзначити, що служба українською в храмах УАПЦ мала великий вплив на парафіян, вражала їх простотою і зрозумілістю.
Про підтримку української церкви свідчить зустріч митрополита, про яку В. Потієнко згадував і таке: «(...)увечері потягом ми приїхали до Конотопу. На вокзалі зустріли нас члени Повітової Церковної Ради і члени Парафіяльної Ради. Жінки й діти піднесли митрополитові квіти. Дивно це все було в умовах радянської України. Розповідали, що коли зібралися на вокзалі зустрічати митрополита з квітами, то люди питали, хто це з членів уряду їде, і знизували плечима, довідавшись, що приїде український митрополит»
20 січня 1926 р. відбувся Окружний Церковний собор УАПЦ. За стан справ у церкві, який був визнаний задовільним, доповідав староста Нерода П. Та сталінські репресії не оминули її. З початку 1922 р. з храму було експропрійовано 1,5 кг дорогоцінних металів та коштовностей. З ліквідацією Української Автокефальної Православної Церкви були розстріляні, вислані тисячі її служителів. По Конотопському округу в 1929-32 рр. було репресовано 58 служителів культу з 384. Священників змушували зрікатись сану. Свій перший строк із політичних мотивів – 3 роки отець Дмитро Карпенко отримав в 1929 р., але був через рік звільнений Харківською прокуратурою навіть у ті часи за відсутністю складу злочину. Та в 1930 р. як “активіста СВУ” його було знову заарештовано. Принагідно мушу зауважити, що ретельний аналіз справи Карпенка Д.С. у Державному архіві Чернігівської обл. дає мені право стверджувати про неоднозначну його діяльність, що потребує подальшого дослідження.
В пам’яті підлипенців залишились жахливі своєю безглуздістю картини знищення їхніх духовних святинь. З розповіді нині покійного Івана Федоровича Батюка: ”Пам’ятаю,як привела мене сестра 1 вересня 1928 р. до школи (у цьому приміщенні зараз дитячий садок). Під час перерви бачив, як люди під керівництвом голови сільради виносили з церкви, що розміщувалась поряд, ікони та інші церковні речі. Вони носили їх до сараю, що на Шумицькій горі. Хлопці Чопок Олександр та Олексій тихцем залізли до сараю і взяли кілька ікон, але голова сільради Микола Вовчанецький помітив їх і став доганяти. Хлопці збігли з гори до ставка і побігли додому. Вовчанецький, шукаючи хлопців у печерах старого церковного кладовища, згубив окуляри. Поки їх шукав – хлопці втекли. Цими іконами потім довго топили в школі”. Дикуни - комунари Вовчанецький, Микола Гавро, Грицько Костюченко, Яків Шевченко та інші розпалювали пічку в сільраді “церковним дурманом”. Так знищили безцінний церковний літопис, що був свідком життя багатьох поколінь підлипенців. Реалізовувалась настанова В. Леніна про терор проти церкви та її служителів.
Продовжувалось розграбовування церкви. Та парафiяни не покидали свого храму. Відомо прізвище дзвонаря – Йосип Сміян, який жив біля церкви і гучними ударами в дзвони сповіщав, що церква жива. I хоч на 15.01.1932 р. громада нараховувала 1232 прихожан 25.10.1933 р. церква вже не функціонувала, як подають архівні дані, “через відсутність служителя культу”. В 1936 р. за наказом голови сільради Вовчанецького церква була на дві третини зруйнована. Пізніше поставили дах і використовували її під клуб. Дивлячись, як знищується їх святиня, побудована руками дідів, люди впадали у відчай, байдужніли. З осудом та зневагою згадують односельцi руйнiвникiв церкви. До речi, так склалося, що тi, хто тим чи iншим чином причетнi до розорення храму, були покаранi. Усi, хто будувався з церковного матерiалу, не вiдрiзнялись благополуччям та довголiттям. Бiльшiсть із цих хат пустували.
Почались переслідування і членів підлипенської “Просвіти” та хорових і драматичних гуртків. В 30-х роках були розстріляні талановиті самодіяльні актори Нерода М.А., Крицький І.Р., член Центральної Ради Довгий І.Г. Багато просвітян було заарештовано й заслано на великі строки ув’язнення. На рудники, лісоповали були відправлені найкращі хліборобські родини.
Трагічна доля старости Підлипенської УАПЦ Поляченка Кіндрата Микитовича. Арештувавши 22 вересня 1937 року за приналежність до переслідуваної церкви, його звинуватили (за наклепом голови колгоспу, колишнього секретаря комсомольської організації Пилипа Волівахи) ще і у підтримці петлюрівців, проведенням у його хаті зборів «Просвіти».
Рішенням Трійки при Чернігівському облуправлінні НКВС за №28 від 25 жовтня 1937 року він був засуджений до розстрілу з конфіскацією майна. 1 листопада 1937 року вирок було виконано комендантом Чернігівського управління НКВС сержантом держбезпеки Филипенком, про що був складений акт за його підписом та підписами помічника облпрокурора зі спецсправ Товчи-Гречки і начальника внутрішньої тюрми Дроботі. Пізніше наклепники заявили слідству в справі реабілітації репресованого церковного старости, що свідчення їх не відповідали дійсності, і Сумський обласний суд припинив справу за недоказаністю звинувачення .
З відродженням України в 90-х роках почали віруючі підлипенці боротьбу за повернення приміщення храму громаді. Голова сільської ради Горбань П.І. ініціював сільські збори, на які 28 грудня 1991 р. зібралось майже 300 односельчан. Головував на зборах Коломієць О.П., секретарем була обрана Гончарова Л.П. На сходці одностайно було вирішено, що приміщення церкви мусить бути передано віруючим.
В той час почався рух за приналежність церкви до УАПЦ. Член “Просвіти” Клименко А.О., багато розповідала людям про Українську Автокефальну Православну Церкву, її історію, то ж члени громади погодились, щоб відновлена церква належала до цієї конфесії. Справа була нова, церков на той час на Конотопщині відкривалось мало, тим більше УАПЦ. Скільки було тих походів по чиновницьких кабінетах, скільки порогів прийшлось оббити! Неодноразово голова й члени громади їздили до Чернігова, бо на той час існувала Чернігівсько-Сумська єпархія, вирішували питання про реєстрацію громади і в Сумах. Не можна переоцінити роль у відновленні церкви уродженця с. Підлипного, краєзнавця Івана Андрiйовича Лисого.
Прихожани Свято-Миколаївської церкви згадують перше освячення пасок в 1992 р. На той час у приміщеннi церкви ще працював клуб. Молодь прийшла до клубу-церкви на танці, але громада не пустила, так як готувалась до святкового богослужіння. Так тривало до 23-ї години, але потім таки довелося впустити молодь на танці, які тривали до ранку. До першого пасхального богослужіння Клименко А.О. вишила хоругви, Синиця I.Ю. виготовив хрести. Біля церкви зібралось біля 2000 людей, у багатьох були сльози радості на очах.
Звичайно, мрією віруючих було повернення церкві вигляду, який вона мала до руйнування. “Побачити наш храм із куполами, та й помирати можна,”- говорила, зітхаючи , прихожанка Щербина Г.С. Але за молитвами прихожан знайшлися люди, які допомагають селу відновити храм. Саме завдяки активнiй допомозi вiдомого в Українi благодійника Сура Євгена Георгiйовича відбулось капiтальне оновлення храму.
За роки, які минули з часу відновлення богослужінь, змінилось кілька священників, та кожний вносив свою частку в розбудову храм. Віруючі з подякою згадують о. Михаїла Ярему, який багато зробив для згуртування громади. Його публікації у пресі, участь у громадському житті зміцнювали авторитет церкви. За час перебування на парафії о. Михаїла були перероблені вікна в церкві. Він упорядкував територію церковного будинку, продовжив його ремонт. З повагою згадують прихожани й матушку Олександру, її участь у діяльності церковного хору. Настоятель храму О. Олександр із початку перебування на парафії упорядкував документи на церкву та церковний будинок, зроблено і ряд господарських справ, він багато працював у архівах над дослідженням історії храму.
Горить на сонці золотавий купол. Поспішають підлипенці на старовинний Церківський вигін, де знову зустрічає прихожан їх рідна церква яскравим різнобарв’ям рушників, пахощами ладану. Заходять до свого відродженого Храму, щоб помолитись, зцілитись духовно, послухати по-філософськи мудрі проповіді свого настоятеля. Відроджуються і храми людських душ, поволі зникають багаторічні нашарування байдужості та огрубіння, утверджується віра в торжество добра та справедливості.