Створений під назвою Інститут української археографії АН УРСР відповідно до постанови Президії АН УРСР від 10 липня 1990 року на базі відновленої наприкінці 1987 року Археографічної комісії УРСР. Постановою Президії НАН України від 1 лютого 1995 року отримав сучасну назву з присвоєнням імені М. С. Грушевського. Директором Інституту від часу його створення був член-кореспондент НАН України Павло Степанович Сохань (18 листопада 1926 – 14 червня 2013).
Археографічна комісія та Інститут — спадкоємці і продовжувачі діяльності осередків, які проводили археографічну й джерелознавчу роботу у попередні епохи, в першу чергу — Київської археографічної комісії (1843–1921), Археографічної комісії Наукового товариства імені Шевченка (1895–1918), Археографічної комісії Всеукраїнської академії наук (1919–31), Археографічної комісії Центрального Архівного управління УСРР (1928–34), інших наукових, навчальних, культурно-освітніх осередків середини XIX — початку XX ст.
На Інститут покладено завдання систематичного і цілеспрямованого виявлення, опрацювання та публікації історичних джерел (передовсім з української історії), розробки теоретико-методичних проблем сучасної археографії, джерелознавства та інших спеціальних історичних дисциплін, проведення фундаментальних джерелознавчих та конкретно-історичних досліджень, видання творчої спадщини українських учених та громадсько-політичних діячів, координації та науково-методичного керівництва археографічною діяльністю інших наукових, освітніх, культурологічних установ в Україні.
