Після Чорної ради, у якій 27-28 червня 1663 року в Ніжині брали не тільки козаки, але й усі інші стани держави, новим гетьманом Лівобережної України було обрано 40-річного Івана Брюховецького. На першій раді, за інформацією Літопису гадяцького полковника Григорія Грабянки. , запорожці забивши чимало сомківців і пограбувавши старшин та московських посланців, відібрали регалії у Сомка, настановивши гетьманом Брюховецького. Проте оскільки подібне «голосування» не було визнано царським посланцем, як свідчить автор Літопису Самовидця невдовзі (на початку липня 1663 року) відбулися перевибори, на котрих Брюховецького додатково підтримала частина «сомківців» (прихильників попереднього гетьмана Якима Сомка).
Іван Брюховецький – ініціатор створення Глухівського полку
Відразу після обрання, на початку липня 1663 року, Іван Брюховецький провів адміністративну реформу направлену на думку дослідників Віктора Романовського та Віктора Горобця на ослаблення найбільшого за розмірами та чисельністю козаків Ніжинського полку. Адже ніжинська старшина перебувала в опозиціє до нового гетьмана. За положенням цієї реформи було створено чотири нові полки Стародубський, Сосницький, Зіньківський та Глухівський. Столицею лівобережного гетьманату стало місто Гадяч.
До складу новоствореного полку Сосницького (Глухівського) полку увійшли Глухівська, Ямпільська, Воронізька, Коропська, Новомлинська та Кролевецька сотні. Перший рік полк очолював Кирило Гуляницький – брат захисника Конотопа в 1659 році Григорія Гуляницького. У 1664 році він очолив Кролевецьку сотню. Він також працював суддею полковим лубенським (? – 1663 – 1666 – ?). Супроводжував гетьмана Брюховцького до Москви. Також полк очолював Василь Черкашениць. Він був козаком Гадяцької сотні Полтавського полку (1649), полковник глухівський (1663-1664), а за іншими даними в 1664-1665 рр.)
Хоча на думку дослідника Андрія Бульвінського вже у травні 1659 року, незадовго до так званої Конотопської битви тисячний козацький загін Глухівського полку на чолі з наказним полковником Л. Бутом та глухівським сотником Петром Івановичем Уманцем їздили за московський кордон. Козаки «повоювали» цілий ряд сіл між Севськом і Рильськом «і багатьох повітових людей у тих селах побили й у полон побрали, і кінські табуни й худобу відігнали».
Козацька піхота XVII століття
Територія полку відразу потрапила до тогочасних міжнародних подій. Проводячи відверто промосковську політику Іван Брюховецький залучав глухівських козаків до участі у війні з поляками та правобережним гетьманом Павлом Тетерею. На початку 1664 року польський король Ян II Казимир із великими силами оточив Глухів, але у битві біля Пирогівки зазнав поразки від козаків і московських військ. Восени 1665 р. полк ліквідовано, а сотні знову повернуто до Ніжинського полку, в тому числі і Глухівську.
