Глухівська козацька сотня виникла в червні-липні 1648 року як бойовий підрозділ Борзнянського полку, що підпорядковувався безпосередньо Генеральній канцелярії. Одна із “засеймських” сотень. Першим сотником став Юрко Годун.

До початку національно-визвольної війни українського народу під проводом Богдана Хмельницького Глухів був центром Глухівської волості (округу) Новгородського повіту Чернігівського воєводства.

В перший період визвольної війни Глухівська сотня козаків діяла на чолі з сотниками Сахном і Чорним Лихом. Вона робила сміливі вилазки проти польсько-шляхетських загонів. Для допомоги Глухівській сотні гетьман Б. Хмельницький надсилає загін запорожців під проводом осавула Родака.

За Зборівською угодою 1649 р. сотня була ліквідована. Хоча краєзнавець Хома Остапенко стверджує, що Глухів, як сотенне місто, увійшло до Ніжинського полку Чернігівського воєводства уже після Зборівської угоди 1649 року.

Юридично сотня сформувалася як адміністративна одиниця вже на початку 1654 року вже у складі Ніжинського полку, що видно по присяжних списках, хоча згадки про Глухівську сотню є в документах у 1648, 1651 (обрання сотника Вейчика Сахна Федоровича). У 1653 pоці сотником було обрано Пилипа Івановича Уманця (обіймав цю посаду до 1658 року).

За даними 1654 р. до сотні належали місто Глухів та села Береза, Уланове, Спаське, Ікрин, Клин, Литвиновичі, Некрасів, Полошки, Сварків.

У 1663-1665 року сотня входила до Глухівського полку. Після його ліквідації до 1782 року сотня перебувала у складі Ніжинського полку. Серед відомих сотників: Уманець Пилип Іванович (ніс уряд ще один раз у 1658-1664 роках та втретє в 1668 році). Жураховський Василь (1667). Жураховський Яків Михайлович (сотник у 1669 та 1672-1677 роках), Яловицький Василь Федорович (1678-1680 та 1694-1696 роки), Туранський Олексій Михайлович (1699-1709), Маркович Андрій Маркович (1709-1714), Мануйлович Іван (1714-1725). Федорович Яким (1725). Омельянович Федір (1728, н.), Уманець Степан Семенович (1732-1737), Туранський Дем’ян Олексійович (1740-1760), Уманець Петро (1760-1761), Уманець Семен (1761-1769) та Славський Олександр (1769-1782).

Загалом ситуацію, що склалася з дослідженням історії першої половини ХVІІ століття характерно аналізує відомий український історик Михайло Грушевський: “На жаль наші відомості про тутешнє володіння з – перед Хмельниччини дуже неповні і фрагментарні; деякі звістки маємо ex – post, з козацьких часів – їх наводить принагідно Лазаревський, в виданих томах “Описаниях Старой Малороссіи”, але на жаль, не зацікавився звести до купи (маленьку збірку захованих inextenso документів подав він в ІV томі “Киевских Чтений”). Їх можна б доповнити з актів коронного трибуналу для Чернігівського воєводства – робота вдячна, яка ще чекає цікавого дослідника”.